Organizaci založila v roce 2005 skupina přátel, kteří se po vstupu České republiky do Evropské unie chtěli veřejně vyjadřovat ke směřování evropské politiky a formulování českých zájmů. Hned první projekt, který Evropské hodnoty zrealizovaly, byla mezinárodní petiční kampaň proti zahájení přístupových rozhovorů s Tureckem. Důležitou motivací zakladatelů Evropských hodnot byla také frustrace z české politické reprezentace, která po vstupu do EU a do NATO nevedla strategickou debatu o zájmech Česka v oblasti zahraniční a bezpečnostní politiky.
Růst Evropských hodnot ze spolku motivovaných studentů po profesionální bezpečnostní centrum lze rozdělit do tří etap, během nichž organizací prošlo na 500 spolupracovníků.
V počátcích organizace mezi lety 2005 a 2010 se mladý tým zaměřoval kromě veřejných debat, konferencí a letních škol také na celoevropské aktivity v rámci programu European Values Network, který učil mladé lidi formulovat konkrétní politická doporučení pro Evropskou unii. Malý tým tvořený převážně dobrovolníky s ročním rozpočtem okolo tří milionů korun se snažil především přispívat ke vzdělávání v oblasti evropské politiky a ke kultivaci české veřejné diskuze.
Mezi lety 2011 a 2014 došlo v Evropských hodnotách ke generační obměně a změně zaměření na mladé české experty jednotlivých sektorových politik v rámci českého členství v Evropské unii. Organizací prošly desítky mladých lidí, kteří se věnovali fungování institucí EH, vnitřní bezpečnosti a tématům spojených s migrací, radikalizací a terorismem či se zaměřili na zahraniční a bezpečnostní politiku. Řada z nich dnes působí v českých a mezinárodních institucích.
Po zahájení ruské války proti Ukrajině v roce 2014 jsme jako instituce strategicky přehodnotili naše aktivity. Dále jsme etablovali vnitro-bezpečnostní specializaci na radikalizaci, nelegální migraci a terorismus, ale zejména jsme založili program Kremlin Watch, který se věnuje tématu ruského vlivu a dezinformací. Náš úspěch v rámci této bezpečnostní agendy byl stvrzen roku 2016, kdy nás české bezpečnostní instituce přizvaly k tvorbě vládního Auditu národní bezpečnosti, v rámci něhož jsme se stali spoluautory české národní politiky v oblasti čelení vlivu cizí moci.
Zúžením naší specializace na téma nepřátelského zahraničního vlivu na evropské demokracie jsme sice zanechali řady dosavadních aktivit, avšak na druhou stranu jsme si v této úzce specializované agendě začali vytvářet hlubokou expertízu. Od roku 2016 jsou naše analýzy a doporučení užívány bezpečnostními institucemi našich spojenců, citovány zahraničním výborem amerického Senátu, pravidelně se nás dotazují největší globální média, briefovali jsme Politický výbor NATO a na naše akce pro komunitu specialistů jezdí každý rok vládní představitelé z více než 30 států. Přirozeně jsme se stali nepřáteli představitelů zájmů Ruské federace v ČR, jakým je například prezident Miloš Zeman, což však jen potvrdilo, že naše aktivity mají smysl a dopad, který nepřátelům suverenity Česka vadí.
Od roku 2019 jsme spustili nový Program bezpečnostních strategií a program Red Watch – oba zaměřené na čínský vliv v Evropě. Personálně jsme se rozrostli a z původně malé skupiny studentů jsme se stali profesionálním bezpečnostním centrem, které ve své úzce profilované oblasti patří k největším a nejvlivnějším v Evropě. Do této pozice se Evropské hodnoty dostaly nejenom díky nasazení desítek motivovaných mladých expertů, ale také díky strategické vizi generace zakladatelů.
Na počátku roku 2020 je Bezpečnostní centrum Evropské hodnoty jedním z lídrů v oblasti čelení ruskému a čínskému vlivu v Evropě s aktivitami ve střední Evropě, Gruzii, Ukrajině a na západním Balkáně.