- Mezi členskými státy panuje značné napětí v klíčových tématech s dopadem na národní suverenitu, jakými jsou například návrhy přerozdělovacího mechanismu žadatelů o azyl.
- Silně politické zapojení Evropské komise ve prospěch té či oné strany sporu by v těchto oblastech vedlo ke střetu strategických zájmů s některými členskými státy a následnému růstu euroskepticismu. Je proto klíčové, aby Evropská komise hrála roli politicky neutrálního „zprostředkovatele“ a vyjednavače, nikoliv aktéra s vlastní politickou agendou.
- Metoda špičkových kandidátů (Spitzenkandidaten), kdy předseda Evropské komise zakládá svou legitimitu na výsledku voleb do Evropského parlamentu, zvyšuje politizaci Komise a dává jí více nástrojů k tlaku proti členským státům.
- Výsledek nadcházejících voleb do Evropského parlamentu samozřejmě musí být Evropskou radou zohledněn (v souladu se smlouvami), ale šéfové vlád nemohou být ve výběru předsedy Komise svázáni nominanty eurostran. Je v zájmu jak členských států, tak Evropské unie jako celku, aby nedošlo k formalizaci metody špičkových kandidátů.
- Českým zájmem je co nejvíce politicky neutrální Komise, která nebude prosazovat svou vlastní agendu na úkor členských států – například v tématu některých politicky destruktivních projektů, jako je relokační mechanismus pro žadatele o azyl (tzv. kvóty).